Σύμφωνα με το πόρισμα του Εθνικού Οργανισμού Διερεύνησης Αεροπορικών και Σιδηροδρομικών Ατυχημάτων και Ασφάλειας Μεταφορών (ΕΟΔΑΣΑΑΜ), το μυστικό της φονικής έκρηξης στα Τέμπη ενδέχεται να κρύβεται στο πίσω κόκπιτ της δεύτερης μηχανής του εμπορικού τρένου.
Αυτό το κόκπιτ, το οποίο ήταν κενό κατά τη διάρκεια του δυστυχήματος, έχει «εξαφανιστεί» από τον χώρο του συμβάντος, καθώς φέρεται να έχει διαλυθεί και αποτεφρωθεί από τη σύγκρουση και την επακόλουθη ανάφλεξη.
Αυτή η καταστροφή δεν δικαιολογείται από τη θέση του στο τρένο και την πορεία της φωτιάς, γεγονός που υποδηλώνει την πιθανή ύπαρξη ύποπτου φορτίου στον συγκεκριμένο χώρο. Ειδικοί εξετάζουν το ενδεχόμενο μεταφοράς εύφλεκτων υλικών, όπως διαλυτών για νόθευση καυσίμων, μέσω άτυπων «ενδοσιδηροδρομικών» μεταφορών, πρακτική που είχε παρατηρηθεί στο παρελθόν.